Struktur Organisasi BP2I merupakan badan yang dibawahi langsung Rektor, mempunyai 2 (dua) bidang yaitu Bidang Perencanaan dan Pengembangan (PP) dan Bidang Kerjasama dan Urusan Internasional (KUI) seperti terlihat pada gambar berikut:
Kepala Badan bertanggung jawab secara langsung kepada Rektor dan berkoordinasi dengan Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerjasama (Warek III).